Eine eukaryotische Zelle lässt sich am besten analysieren, indem man so vorgeht wie ein Pathologe bei der Begutachtung eines Gewebeschnitts: Zuerst werden Strukturen identifiziert, dann wird aus der Struktur auf die Funktion geschlossen und schließlich vorhergesagt, welche Ausfälle bei einer Störung dieser Struktur auftreten würden. Beginnen Sie bei einer elektronenmikroskopischen Aufnahme mit den größten Strukturen und arbeiten Sie sich nach innen vor.
Nutzen Sie die beschriftete Aufnahme, um stets denselben Ablauf zu üben: Zellgrenze, Zellkern, innere Membranen, Energieorganellen, Abbaukompartimente.
Membranen leisten mehr, als nur Räume voneinander zu trennen. Sie legen fest, welche Seite eines Proteins zum Zytosol hin orientiert ist, und diese Ausrichtung bleibt während des Vesikeltransports erhalten. Daher lässt sich die Topologie besser zur Diagnose von Problemen in Stoffwechselwegen heranziehen als die bloße Lokalisierung eines Organells innerhalb der Zelle.
Im sekretorischen Weg bezeichnet das Lumen den von einer Membran umschlossenen wässrigen Innenraum, während das Zytosol den wässrigen Raum außerhalb dieser Membranen darstellt. Die Lumen von ER, Golgi-Apparat, Transportvesikeln und Lysosomen sind topologisch gleichwertige Kompartimente. Sie sind alle durch eine Membran vom Zytosol getrennt und behalten ihre Orientierung bei, während die Fracht transportiert wird.
Die Kernhülle ist eine Doppelmembran. Ihr Kernporenkomplex fungiert als Schleuse, die bestimmten Proteinen und RNAs den Durchtritt ermöglicht, während Chromatin und zahlreiche Enzyme kompartimentiert bleiben. Die äußere Kernmembran geht direkt in das raue ER über, weshalb beide Strukturen mit Ribosomen besetzt sein können.
Analysieren Sie die Querschnitte und kennzeichnen Sie die zytosolische sowie die luminale Seite, bevor Sie einem Membranprotein eine Funktion zuordnen.
Goldene Regel Befindet sich eine Proteindomäne im ER im Lumen, so verbleibt sie auch im Golgi und im Inneren sekretorischer Vesikel im Lumen. Sie gelangt nicht spontan ins Zytosol, ohne einen Mechanismus zur Membranpassage zu durchlaufen.
Fällt eine Organelle aus, spiegelt der Phänotyp oft einen Engpass im Stoff- oder Informationsfluss wider.
Ordnen Sie die beschriebenen Szenarien derjenigen Organelle zu, die sie mechanistisch am besten erklärt – und nicht bloß aufgrund einer assoziativen Verknüpfung.