यूकैरियोटिक सेल को समझने का सबसे आसान तरीका वही है जिससे पैथोलॉजिस्ट टिश्यू सेक्शन को पढ़ते हैं। पहले संरचनाओं की पहचान करें, फिर संरचना से उनके काम का अंदाज़ा लगाएं, और फिर यह सोचें कि अगर वह संरचना खराब हो जाए तो क्या होगा। इलेक्ट्रॉन माइक्रोग्राफ पर, सबसे बड़ी चीज़ों से शुरू करें और अंदर की तरफ बढ़ें।
लेबल किए गए माइक्रोग्राफ का इस्तेमाल करके हर बार एक ही तरह से स्कैन करने का अभ्यास करें: सीमा, न्यूक्लियस, आंतरिक झिल्लियाँ, ऊर्जा वाले कोशिकांग, और तोड़ने/अपघटन करने वाले हिस्से।
मेम्ब्रेन सिर्फ़ जगहों को अलग करने से कहीं ज़्यादा काम करती हैं। वे तय करती हैं कि प्रोटीन का कौन सा हिस्सा साइटोसोल की तरफ़ है, और वेसिकल्स के ज़रिए होने वाले ट्रांसपोर्ट में यह ओरिएंटेशन (दिशा) बनी रहती है। यही वजह है कि सेल में कोई ऑर्गेनेल कहाँ मौजूद है, इसके बजाय टोपोलॉजी से पाथवे की समस्याओं का बेहतर पता चलता है।
सिक्रेटरी पाथवे में, ल्यूमेन मेम्ब्रेन से घिरी अंदरूनी जलीय जगह होती है, और साइटोसोल उन मेम्ब्रेन के बाहर की जलीय जगह होती है। ER ल्यूमेन, गोल्जी ल्यूमेन, ट्रांसपोर्ट वेसिकल ल्यूमेन और लाइसोसोम ल्यूमेन टोपोलॉजिकल रूप से एक जैसे कम्पार्टमेंट होते हैं। ये सभी साइटोसोल से एक मेम्ब्रेन के ज़रिए अलग होते हैं और कार्गो के मूवमेंट के दौरान भी इनका ओरिएंटेशन (दिशा) एक जैसा ही रहता है।
न्यूक्लियर एनवेलप एक डबल मेम्ब्रेन होती है। इसका न्यूक्लियर पोर कॉम्प्लेक्स वह गेट है जो चुने हुए प्रोटीन्स और RNAs को तो आने-जाने देता है, लेकिन क्रोमैटिन और कई एंजाइम्स को अलग-अलग कम्पार्टमेंट में ही रखता है। बाहरी न्यूक्लियर मेम्ब्रेन रफ ER से जुड़ी होती है, इसलिए राइबोसोम्स दोनों पर मौजूद हो सकते हैं।
किसी भी मेम्ब्रेन प्रोटीन का काम तय करने से पहले, क्रॉस-सेक्शन्स को ध्यान से देखें और लेबल करें कि कौन सा हिस्सा साइटोसोलिक है और कौन सा ल्यूमिनल।
सुनहरा नियम अगर कोई प्रोटीन डोमेन ER में ल्यूमिनल (अंदरूनी हिस्से में) है, तो वह गोल्जी और सिक्रेटरी वेसिकल्स के अंदर भी ल्यूमिनल ही रहेगा। बिना किसी मेम्ब्रेन को पार करने वाले मैकेनिज्म के, वह अपने आप साइटोसोलिक (कोशिकाद्रव्य में) नहीं बनेगा।
जब कोई ऑर्गेनेल (कोशिकांग) काम करना बंद कर देता है, तो उसका फिनोटाइप (बाहरी लक्षण) अक्सर पदार्थ या जानकारी के बहाव में रुकावट को दर्शाता है।
विगनेट (मामले के विवरण) के पैटर्न को उस ऑर्गेनेल से मिलाएं जो उन्हें मैकेनिस्टिक तौर पर (यानी कार्यप्रणाली के आधार पर) सबसे अच्छी तरह समझाता हो, न कि सिर्फ़ जुड़ाव के आधार पर।